学术理论研究部下设《黑龙江工程学院学报》编辑部、《测绘工程》编辑部、《交通科技与经济》编辑部及综合部等机构。部门现有工作人员9人，包括主任1人，三刊编辑部主任3人，责任编辑4人；其中正高级职称2人，副高级职称2人，中级职称4人，初级职称1人。

部门主要职责：

1.坚持正确出版方向，贯彻执行党和国家有关期刊出版的方针、政策和法律、法规，贯彻落实省宣传和新闻出版部门各项管理要求。

2.负责对《黑龙江工程学院学报》《测绘工程》《交通科技与经济》期刊编辑出版实施全面质量管理与监控，规范期刊的组稿、审稿、编辑、出版、发行等工作，把好期刊编辑出版政治、学术和质量关。

3.制定和完善内部管理制度，明确各工作岗位职责，制定期刊发展规划、年度工作计划等，并组织实施。

4.牢固树立精品意识，关注与期刊相关学科的学术理论创新和研究热点，广泛组织稿件，凝练办刊特色，增强学术传播和知识服务能力，努力为学校高质量发展和学科建设服务。

5.加强与省宣传和新闻出版部门以及各级期刊学会、协会、研究会的联系，掌握学术期刊发展方向和编辑出版最新动态。

6.加强校际间、编辑部间的联系，加强信息交流和学习。

7.完成学校交办的其他工作。